AKTE
DC–2026–07
ENGINE
Bowtie2 + SantaLucia NN
KLASS.
TECHNISCH · ÖFFENTLICH
URTEIL
6 Stufen
BASIS
16 Referenzen
10
gewichtete biophysikalische Faktoren am Ziel, im Bericht einzeln ausgewiesen
3
gestaffelte Ebenen gegen die Ausschlüsse: Bindung, Diskriminierung am 3′-Ende und Amplikonvorhersage
6
Urteilsstufen, von validiert bis nicht funktionsfähig, jede mit ihrer Begründung
16
publizierte Referenzen stützen das Modell, je Faktor zitiert
+
+
+
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Alleinstellungsmerkmal
Es ist keine Homologiesuche mit hübschem Namen. Es vereint Alignment, Nächste-Nachbarn-Thermodynamik, das biochemische Modell der 3′-Verlängerung und die Sekundärstrukturvorhersage des Amplikons in einer einzigen Kette — zehn gewichtete biophysikalische Faktoren und ein Urteil mit sechs Stufen.
Eine Fehlpaarung in den letzten drei Basen des verlängernden Endes bestraft die Amplifikation hart, selbst wenn der Rest des Primers identisch ist. Genau das ist der Fall, den die Homologiesuche als Risiko einstuft und das Röhrchen widerlegt — und der umgekehrte, den sie durchwinkt und der dann amplifiziert, was er nicht sollte.
01
Der Stand der Technik
Einer Sequenz zu ähneln heißt nicht, sie zu amplifizieren.
Spezifität im Labor zu validieren erfordert teure DNA-Panels, Wochen Arbeit und mehrere Optimierungsrunden. Und die üblich gewählte Alternative — eine Homologiesuche — beantwortet eine andere Frage als die des Labors.
02
Was modelliert wird
Zehn Faktoren am Ziel. Drei Ebenen gegen den Rest der Welt.
Die drei Off-Target-Ebenen sind gestaffelt: Sie verwerfen schnell, was nicht binden kann, und nur was überlebt, gelangt in die teure Amplikonvorhersage.
Am Ziel · zehn gewichtete Faktoren
Bindung
Schmelztemperatur
3′-Stabilität
Zugänglichkeit
Dimere
GC des Amplikons
Sekundärstruktur
Länge
G-Quadruplex
Fehlanlagerung
Jeder geht mit seinem Gewicht in den Erfolgsindex der Reaktion ein, von 0 bis 1, und der Bericht gibt sie aufgeschlüsselt zurück: Ein Kandidat wird nicht „wegen niedriger Punktzahl“ abgelehnt, sondern wegen des Faktors, der ihn versenkt.
Off Target · drei gestaffelte Ebenen
Das Urteil, in sechs Stufen
03
Der Suchraum
Wogegen gesucht wurde, im Bericht selbst genannt.
Drei Reichweiten, vom angegebenen Panel bis zu allem Hinterlegten. Der Bericht nennt die verwendete, denn ein sauberes Ergebnis auf einem kleinen Panel ist keine Spezifitätsaussage.
Angegebenes Panel
Gegen die Ausschlüsse, die Sie festlegen
Die Standardreichweite: die Genome, die der Ansatz zurückweisen muss, von der Anwenderin angegeben oder aus dem kuratierten Wissen geerbt, matrixbewusst, wo angegeben.
Breit, begrenzt
Zielklade plus universelle Kontaminanten
Schnelle lokale Suche, die die Spezifitätskette des Designs wiederverwendet, mit Vorwärts-Rückwärts-Paarung und Analyse des 3′-Endes.
Breit, erschöpfend
Gegen alles Hinterlegte
Direkte Abfrage der öffentlichen Nukleotiddatenbank mit derselben Paarung und lokaler Analyse. Sie läuft im Hintergrund, mit Fortschritt und geschätzter Dauer.
Die Ehrlichkeit, die das Modul verlangt
„Keine Off-Target-Befunde“ bedeutet nur etwas zusammen mit dem Raum, in dem gesucht wurde. Deshalb nennt der Bericht ihn stets und trennt, was richtet aus von dem, was primt und amplifiziert: Das sind zwei verschiedene Listen, und nur die zweite ruiniert einen Ansatz.
Das Modul deutet auch keine Biologie: Es validiert Primer. Es verwendet die Ausschlusspanels, die das kuratierte Wissen projiziert, und koppelt sich nicht an den Motor, der sie erzeugt — das hält das Urteil reproduzierbar, auch wenn sich das Wissen fortentwickelt.
04
Der Vertrag
Was hineingeht, was herauskommt, woran es anschließt.
Eingang
Ein Primerpaar und eine Zielsequenz, einzeln oder aus dem institutionellen Repositorium; das Ausschlusspanel, angegeben oder aus dem kuratierten Wissen geerbt; und, wenn gewünscht, ein ganzes Kit für eine Zweitmeinung mit unabhängigem Motor.
Ausgang
Erfolgsindex von 0 bis 1, Urteil in sechs Stufen, Aufschlüsselung der zehn Faktoren, Liste der Off-Target-Befunde mit der Begründung jeder Ablehnung oder Warnung, vorhergesagte Schmelztemperatur des Amplikons und Optimierungsempfehlungen.
Anschluss
Es empfängt von SnapPrime und aus dem Repositorium; es liefert an FastKit, das nur validierte Primer verpackt. Matrixmodus, um N Primer gegen M Genome zu kreuzen, und Stapelmodus mit Fortschrittsverfolgung.
05
Technisches Datenblatt
Eingang
Ein Primerpaar und eine Zielsequenz; wahlweise Sonde, Ausschlusspanel und Arbeitsmatrix. Es nimmt auch ein vollständiges Kit aus dem Generator entgegen, als Zweitmeinung mit unabhängigem Motor.
Modi
Einzeln, Stapel, Matrix aus N Primern mal M Genomen und Multiplex mit asynchroner Fortschrittsverfolgung.
Ausgabe
Erfolgsindex der Reaktion von 0 bis 1, Urteil in sechs Stufen, Aufschlüsselung der zehn Faktoren, Off-Target-Befunde mit Begründung, vorhergesagte Schmelztemperatur des Amplikons und Empfehlungen.
Angegebener Raum
Jeder Bericht nennt den Suchraum, in dem er ergangen ist, und trennt, was alignt, von dem, was anlagert und amplifiziert. Zwei Listen, nicht eine.
Architektur
Das Modul speichert kein eigenes Wissen: Es verwendet die aus dem kuratierten Wissen projizierten Ausschlusspanels. Das hält das Urteil reproduzierbar und vom Inferenzmotor entkoppelt.
Grenze · Panels
Die Aktualität der Ausschlusspanels hängt am Veröffentlichungszyklus des kuratierten Wissens. Ein veraltetes Panel verengt den Suchraum, ohne dass die Zahl es verrät: deshalb nennt der Bericht das Datum.
Grenze · Fehlpaarungen
Die Fehlpaarungsregel des Aligners ist im Code festgelegt und noch nicht über die Oberfläche konfigurierbar. Sie steht im Schuldenregister des Moduls.
Grenze · in silico
Es ist biophysikalische Vorhersage, kein Versuch. Sie ersetzt Optimierungsrunden und verwirft Undurchführbares, bevor Reagenz verbraucht wird, doch die formale Validierung einer Methode verlangt weiterhin das Labor.
Alignment: Bowtie2 im Paired-Modus. Nächste-Nachbar-Thermodynamik: SantaLucia (1998). Modell der 3’-Ende-Verlängerung: Kwok (1990) und Stadhouders (2010). Stabilität und Salzkorrektur: Owczarzy (2004). Breite Suche: lokaler Ähnlichkeitskanal und Client der öffentlichen BLAST-Schnittstelle des NCBI gegen die Nukleotidsammlung. Insgesamt sechzehn veröffentlichte Referenzen.
Der Thermocycler soll bestätigen, nicht entdecken.
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