DOSSIER
DC–2026–07
MOTEUR
Bowtie2 + SantaLucia NN
CLASSIF.
TECHNIQUE · PUBLIQUE
VERDICT
6 niveaux
BASE
16 références
10
facteurs biophysiques pondérés sur la cible, restitués un à un dans le rapport
3
couches progressives contre les exclusions : liaison, discrimination de l'extrémité 3′ et prédiction d'amplicon
6
niveaux de verdict, de validé à non fonctionnel, chacun avec son motif
16
références publiées soutiennent le modèle, citées facteur par facteur
+
+
+
+
Ce qui le distingue
Ce n'est pas une recherche d'homologie au joli nom. Il intègre alignement, thermodynamique du plus proche voisin, modèle biochimique d'extension de l'extrémité 3′ et prédiction de structure secondaire de l'amplicon dans un pipeline unique — dix facteurs biophysiques pondérés et un verdict à six niveaux.
Un mésappariement sur les trois dernières bases de l'extrémité qui étend pénalise sévèrement l'amplification même si le reste de l'amorce est identique. C'est exactement le cas que la recherche d'homologie classe comme risque et que le tube dément — et l'inverse, celui qu'elle laisse passer et qui amplifie ensuite ce qu'il ne devait pas.
01
L'état de l'art
Ressembler à une séquence n'est pas l'amplifier.
Valider la spécificité à la paillasse exige des panels d'ADN coûteux, des semaines de travail et plusieurs cycles d'optimisation. Et l'alternative habituelle — une recherche d'homologie — répond à une autre question que celle que pose le laboratoire.
02
Ce qui est modélisé
Dix facteurs sur la cible. Trois couches contre le reste du monde.
Les trois couches hors cible sont progressives : elles écartent vite ce qui ne peut se lier, et seul ce qui survit passe à l'analyse coûteuse de prédiction d'amplicon.
Sur la cible · dix facteurs pondérés
Liaison
Température de fusion
Stabilité 3′
Accessibilité
Dimères
GC de l'amplicon
Structure secondaire
Longueur
G-quadruplexe
Amorçage parasite
Chacun entre avec son poids dans l'indice de réussite de la réaction, de 0 à 1, et le rapport les restitue détaillés : un candidat n'est pas rejeté « pour score faible », il est rejeté par le facteur qui le coule.
Hors cible · trois couches progressives
Le verdict, en six niveaux
03
L'espace de recherche
Contre quoi la recherche a été faite, dit dans le rapport lui-même.
Trois portées, du panel déclaré à tout ce qui est déposé. Le rapport nomme celle qui a servi, car un résultat propre sur un petit panel n'est pas une déclaration de spécificité.
Panel déclaré
Contre les exclusions que vous définissez
La portée par défaut : les génomes que l'essai doit rejeter, déclarés par l'utilisateur ou hérités du savoir curé, avec prise en compte de la matrice lorsqu'elle est indiquée.
Large borné
Clade cible plus contaminants universels
Recherche locale et rapide qui réutilise le pipeline de spécificité de la conception, avec appariement sens par antisens et analyse de l'extrémité 3′.
Large exhaustif
Contre tout ce qui est déposé
Requête directe à la base publique de nucléotides avec le même appariement et la même analyse locale. Elle tourne en arrière-plan, avec avancement et temps estimé.
L'honnêteté qu'exige le module
« Aucun constat hors cible » ne signifie quelque chose qu'accompagné de l'espace où la recherche a eu lieu. C'est pourquoi le rapport le déclare toujours, et sépare ce qui aligne de ce qui amorce et amplifie : ce sont deux listes distinctes, et seule la seconde ruine un essai.
Le module n'interprète pas non plus la biologie : il valide des amorces. Il consomme les panels d'exclusion projetés par le savoir curé et ne se couple pas au moteur qui les produit — ce qui garde le verdict reproductible même si le savoir évolue.
04
Le contrat
Ce qui entre, ce qui sort, ce à quoi cela s'enchaîne.
Entrée
Une paire d'amorces et une séquence cible, isolées ou issues du référentiel institutionnel ; le panel d'exclusion, déclaré ou hérité du savoir curé ; et, si on le souhaite, un kit entier pour demander un second avis avec un moteur indépendant.
Sortie
Indice de réussite de 0 à 1, verdict à six niveaux, détail des dix facteurs, liste des constats hors cible avec le motif de chaque rejet ou alerte, température de fusion prévue de l'amplicon et recommandations d'optimisation.
S'enchaîne
Il reçoit de SnapPrime et du référentiel ; il livre à FastKit, qui n'emballe que des amorces déjà validées. Mode matrice pour croiser N amorces contre M génomes et mode lot avec suivi d'avancement.
05
Fiche technique
Entrée
Une paire d'amorces et une séquence cible ; facultativement une sonde, un panel d'exclusion et la matrice de travail. Il accepte aussi un kit complet depuis le générateur, comme second avis avec un moteur indépendant.
Modes
Unitaire, lot, matrice de N amorces par M génomes, et multiplex avec suivi asynchrone de l'avancement.
Sortie
Indice de réussite de la réaction de 0 à 1, verdict à six niveaux, détail des dix facteurs, constats hors cible avec leur motif, température de fusion prévue de l'amplicon et recommandations.
Espace déclaré
Tout rapport nomme l'espace de recherche dans lequel il a été émis, et sépare ce qui s'aligne de ce qui amorce et amplifie. Deux listes, pas une.
Architecture
Le module ne stocke aucun savoir propre : il consomme les panels d'exclusion projetés depuis le savoir curé. Cela garde le verdict reproductible et découplé du moteur d'inférence.
Limite · panels
La fraîcheur des panels d'exclusion dépend du cycle de publication du savoir curé. Un panel périmé rétrécit l'espace de recherche sans que le chiffre le dise : c'est pourquoi le rapport en déclare la date.
Limite · mésappariements
La politique de mésappariements de l'aligneur est figée dans le code et n'est pas encore configurable depuis l'interface. C'est au registre de dette du module.
Limite · in silico
C'est une prédiction biophysique, pas un essai. Elle remplace des cycles d'optimisation et écarte l'inviable avant de dépenser du réactif, mais la validation formelle d'une méthode exige toujours le laboratoire.
Alignement : Bowtie2 en mode apparié. Thermodynamique du plus proche voisin : SantaLucia (1998). Modèle d'extension de l'extrémité 3’ : Kwok (1990) et Stadhouders (2010). Stabilité et correction saline : Owczarzy (2004). Recherche large : canal local de similarité et client de l'interface publique BLAST du NCBI contre la collection de nucléotides. Seize références publiées au total.
Que le thermocycleur confirme, non qu'il découvre.
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