DOSSIER FK–2026–06

MOTEUR jalons + boucle fermée

CLASSIF. TECHNIQUE · PUBLIQUE

PARCOURS 5 gestes

PORTÉE 4 secteurs

10 Livraison · produit diagnostique

FastKit

Du besoin au kit complet en cinq gestes : vous dites ce que vous devez détecter et dans quel secteur, et il en sort l'essai conçu, validé in silico et documenté — protocole, contrôles, fiches d'usage et bon de commande.

Il est écrit pour le vétérinaire, l'agronome, l'expert alimentaire et le clinicien : le système rend capable, il n'examine pas. Un message opaque pour l'utilisateur est considéré comme un défaut du produit, pas comme un oubli.

Comment lire cette fiche

Le verdict du kit ne revendique jamais plus que ce qui est couvert : si un axe d'exclusion exigé reste non résolu, le système ne le qualifie pas de spécifique de l'espèce. Il le dit et l'écrit dans le protocole.

8 jalons indépendants · boucle fermée
4 axes d'exclusion déclarés

5 gestes

du besoin au kit : l'assistant en sept étapes a été remplacé par un parcours en cinq gestes

axes d'exclusion : phylogénétique, co-commercialisé, flore d'accompagnement et transfert horizontal

jalons indépendants, chacun avec ses tests de référence isolés

seuils écrits dans le code : ils viennent tous du profil d'exigences et de la configuration

Ce qui le distingue

Le jeu négatif n'est pas une liste de proches parents : il est multi-axes. Ce qui est phylogénétiquement proche, ce qui se commercialise à côté du produit, la flore d'accompagnement de cette matrice et ce qui voyage par transfert horizontal. Un essai qui n'exclut que le clade tombe sur ce qui partage l'étagère, pas sur ce qui partage l'arbre.

Et par-dessus, un contrôleur en boucle fermée : il vérifie la faisabilité avant de commencer, diagnostique pourquoi cela ne sort pas, monte en modalité — d'un amplicon à une sonde sur variant ponctuel, puis à plusieurs locus — et ne déclare que le niveau que les axes couverts autorisent. Aucun concurrent du domaine — SpeciesPrimer, RUCS, varVAMP, Olivar, MFEprimer — ne boucle le cycle de l'intention au bon de commande avec cette comptabilité de ce qui reste non couvert.

01 L'état de l'art

Tous s'arrêtent à l'amorce. Le kit, c'est vous qui le montez.

Transformer une paire validée en quelque chose d'utilisable exige de calculer les mélanges, de rédiger le protocole, de faire la fiche opérateur, de contacter les fournisseurs et de documenter pour la norme. Des semaines de travail manuel, et aucun outil du domaine ne s'y aventure.

Outil

Jusqu'où il va

Ce qu'ajoute FastKit

SpeciesPrimer, RUCS, varVAMP, Olivar

Ils conçoivent des amorces spécifiques d'espèce à partir de génomes, chacun avec son approche et de bons résultats publiés.

Élargit le négatif au-delà de la phylogénie : il modélise ce qui est co-commercialisé, la flore de la matrice et ce qui voyage par transfert horizontal — et il ne s'arrête pas à la séquence mais au kit, avec son dossier.

MFEprimer et validateurs in silico

Ils vérifient la spécificité d'une paire déjà conçue contre des bases de référence.

Conçoit, valide et documente dans la même chaîne : la décision de ce qu'il faut exclure est déclarée, et le passage au produit est assuré par le système.

Kit commercial sur catalogue

Il arrive prêt, validé par le fabricant et avec sa documentation.

Couvre ce qui n'a pas de catalogue : une cible propre, une matrice rare ou une exigence client, avec la documentation qu'on attend d'un kit commercial.

Sous-traitance à un prestataire

Elle résout la conception avec un expert humain derrière.

Livre le résultat et le pourquoi : le critère est écrit et traçable, sans semaines d'allers-retours ni coût par essai.

Le monter dans son propre laboratoire

Cela donne un contrôle total et tire parti du savoir maison.

Calcule les mélanges, rédige le protocole, génère les fiches et prépare le dossier : le savoir de la maison est conservé, le travail manuel non.

02 Les quatre axes du jeu négatif

Ce à quoi votre essai ne doit pas réagir.

Le profil d'exigences se déduit du secteur et du cas d'usage : ce qu'il faut exiger en sécurité alimentaire n'est pas ce qu'il faut exiger en santé végétale ou en clinique humaine. Et cette exigence est comptabilisée à la fin.

Axe 01

Phylogénétique

Les proches parents de l'organisme cible — l'axe que tout le domaine couvre, et le seul que la plupart couvrent.

Axe 02

Co-commercialisé

Ce qui se vend et se transforme à côté du produit. Un essai peut être impeccable sur l'arbre et croiser avec ce qui partage sa ligne de conditionnement.

Axe 03

Flore d'accompagnement

La communauté propre à cette matrice alimentaire, celle qui sera dans le tube qu'elle soit apparentée à quoi que ce soit ou non.

Axe 04

Transfert horizontal

Des gènes qui voyagent entre organismes non apparentés. Une cible portée par un élément mobile n'est spécifique de personne.

La garde d'honnêteté

Le contrôleur ne revendique jamais la spécificité d'espèce ni le niveau maximal si l'un des axes exigés par le profil est resté non couvert. Au lieu de baisser la barre en silence, le verdict est émis avec la portée réelle et le protocole déclare quel axe n'a pu être couvert, et pourquoi.

Montée en modalité

Si un amplicon unique ne discrimine pas, le système n'abandonne pas et ne ment pas : il passe à une sonde sur variant ponctuel et, à défaut, à plusieurs locus. Chaque marche renchérit l'essai, et c'est pourquoi elle est proposée en expliquant ce qu'on y gagne.

03 Comment ça marche

Huit jalons qui peuvent être audités séparément.

Chaque jalon est une entité indépendante avec son entrée, son outil et sa sortie, et ses propres tests. Pas un monolithe où la panne se dilue.

De l'intention au profil d'exigences

Ce qu'il faut détecter, dans quelle matrice et pour quel secteur devient un profil explicite d'exigences, dérivé du corpus curé. Ce profil est le contrat que le résultat devra satisfaire.

De l'organisme aux marqueurs

Sélection de marqueurs privilégiant les gènes à copie unique plutôt que le ribosomique, qui discrimine moins bien au niveau de l'espèce.

Le jeu négatif, en quatre axes

Construction de l'ensemble d'exclusion depuis les bases publiques et le savoir curé, avec une garde qui empêche de tenir pour couvert un axe qui n'a pas été peuplé.

Fenêtres par aptitude base par base

Consensus majoritaire, entropie, discrimination pondérée par axe et codes d'ambiguïté pour choisir où l'on peut concevoir. La matrice qui va au concepteur est toujours la propre, jamais l'ambiguë.

Conception et validation thermodynamique

Amorces bornées à la fenêtre, avec repli sur une conception libre s'il n'y a pas de solution, et validation combinatoire : énergie libre pondérée à l'extrémité 3′, amplicon sens par antisens et hors-cible par axe.

Boucle fermée et verdict honnête

Le contrôleur vérifie la faisabilité avant de dépenser du calcul, diagnostique les échecs, monte en modalité s'il le faut et s'arrête quand le profil est satisfait — ou quand il est temps de dire que ce n'est pas possible.

Mise en produit

Protocole conforme au guide de publication des essais, avec la portée et les axes non couverts déclarés, fiches d'usage, fiche technique et bons de commande d'oligonucléotides et de réactifs.

04 Le contrat

Ce qui entre, ce qui sort, ce à quoi cela s'enchaîne.

Entrée

L'intention en langage de laboratoire — quoi détecter, dans quelle matrice, pour quel secteur — et, s'ils existent déjà, les amorces validées ou les cibles recommandées par les modules amont.

Sortie

Kit complet : protocole bilingue avec tableau de réactifs calculé et cyclage, fiche de référence rapide pour l'opérateur, fiche technique de l'essai, dossier de validation in silico et bon de commande avec spécifications.

S'enchaîne

Il réutilise la conception de SnapPrime et demande un second avis à DigiCycler avec un moteur indépendant. Quand l'essai sera réellement lancé, Hermes bouclera la boucle en interprétant ce qu'a mesuré l'instrument.

05 Fiche technique

Secteurs

Sécurité alimentaire, vétérinaire, santé végétale et clinique humaine, chacun avec son profil d'exigences et son mode assisté par l'intention.

Entrée

L'intention exprimée en langage de laboratoire ; ou des amorces déjà validées et des cibles recommandées par les modules amont.

Sortie

Protocole bilingue avec réactifs calculés et cyclage, fiche opérateur, fiche technique, dossier de validation in silico et bon de commande — le tout exportable en PDF.

Architecture

Huit jalons indépendants avec leur propre contrat de données et des tests de référence isolés, gouvernés par un contrôleur en boucle fermée.

Seuils

Aucun écrit dans le code : ils proviennent du profil d'exigences et de la configuration du module, de sorte qu'ajuster une exigence n'oblige pas à redéployer.

Multi-organisation

Isolation par organisation et par site obligatoire tout au long du parcours, non comme option de déploiement.

Limite · signature

FastKit prépare le dossier technique. La déclaration de conformité est signée par le fabricant : le système documente, il ne certifie pas.

Limite · in silico

La validation préalable au kit est une prédiction biophysique. Elle remplace des cycles de tâtonnement, pas la vérification expérimentale qu'exige la norme avant de mettre une méthode en production.

Limite · exclusion

La qualité du jeu négatif dépend de ce qui a été déposé et curé pour cette matrice et ce secteur. Quand un axe ne peut être peuplé, le kit sort avec cet axe déclaré non couvert au lieu d'être passé sous silence.

Conception confrontée à l'état de l'art du domaine : SpeciesPrimer, RUCS, varVAMP, Olivar et MFEprimer. Normes de référence : ISO 6579 pour Salmonella, ISO 11290 pour Listeria, ISO 10272 pour Campylobacter, protocoles OEPP PM 7 en santé végétale et marquage CE-DIV en diagnostic humain. Protocole émis conformément au guide MIQE, avec déclaration explicite de la portée.

Du besoin au bon de commande, sans changer de système.

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