DOSSIER HL–2026–05

MOTEUR règles explicites · sans ML

CLASSIF. TECHNIQUE · PUBLIQUE

DOMAINE GERMINAL MENDÉLIEN

BASES HPO · ClinVar · ClinGen

11 Clinique · diagnostic génétique

Helion

Il convertit le phénotype du patient en un plan de test génétique priorisé — panel, exome ou génome complet — chaque recommandation étant traçable jusqu'à une règle précise.

Code explicite, zéro apprentissage automatique, zéro boîte noire. Ce n'est pas une posture esthétique : c'est ce qu'exige la documentation du raisonnement clinique devant une accréditation.

Comment lire cette fiche

Toute recommandation arrive avec son niveau de preuve et la version de la base qui la soutient. Sans cela, un plan de test est un avis mis en page.

19.000 termes de phénotype · graphe orienté
2,8 M variants cliniques · 3 500 associations

modèles opaques dans la chaîne de décision : chaque recommandation est traçable jusqu'à une règle précise

19.000

termes de phénotype sur un graphe orienté, avec similarité sémantique par contenu d'information

2,8 M

variants cliniques sur l'assemblage de référence GRCh38

3.500

associations gène-maladie avec leur niveau de validité curé

Ce qui le distingue

Chaque recommandation est traçable jusqu'à une règle explicite. Exomiser et Amelie — les références du domaine — appuient leur priorisation sur des modèles difficilement auditables : ils donnent une liste ordonnée, mais pas une chaîne de raisonnement qu'un laboratoire puisse défendre devant un auditeur.

Ici, le critère est du code lisible : quel terme de phénotype a pesé, contre quel profil de maladie il a été comparé, quels variants le soutiennent et à quel niveau de revue. La même entrée donne la même sortie, et cette sortie se lit ligne à ligne.

01 L'état de l'art

La décision se prend à la main, et le biais ne laisse pas de trace.

Face à un tableau clinique complexe, il faut décider quel test demander. Cela oblige à croiser des phénotypes avec des bases de variants, la validité gène-maladie et des profils publiés : un processus manuel, exposé aux omissions et difficile à reconstituer ensuite.

Outil

Jusqu'où il va

Ce qu'ajoute Helion

Exomiser, Amelie

Ils priorisent gènes et variants en combinant phénotype et preuve, avec de bonnes performances publiées.

Livre la chaîne de raisonnement avec le classement : chaque décision traçable jusqu'à une règle explicite avec son code, documentable devant une accréditation.

Recherche manuelle dans les bases cliniques

C'est ce que fait aujourd'hui le généticien, et avec un jugement expert cela fonctionne.

Laisse le jugement au généticien et lui retire la recherche : il parcourt les bases de façon exhaustive et consigne, de manière reconstituable, pourquoi ce qui a été écarté l'a été.

Panels commerciaux fermés

Ils couvrent les tableaux fréquents avec la validation du fabricant et un délai court.

Répond aussi quand le tableau clinique n'entre dans aucun panel, et quantifie ce qu'apporte le passage à l'exome ou au génome, pour que la décision du clinicien soit étayée.

Interroger un modèle de langue

Il donne une réponse immédiate et d'apparence raisonnée.

Est reproductible et auditable : règles explicites, sans ML, avec la version de chaque base déclarée — la condition pour qu'un résultat entre dans un dossier réglementaire.

02 Les couches de preuve

Tout ce qui est publié ne pèse pas le même poids.

Le niveau de revue d'un variant dans la base clinique de référence décide de la couche où il entre. Mélanger les trois couches en une seule liste, c'est ce qui produit des recommandations indéfendables.

Couche 1 · clinique

Variants à revue solide

Ceux que la base clinique de référence marque au niveau de revue le plus élevé. C'est la preuve sur laquelle une recommandation peut tenir sans nuance.

Couche 2 · soutenable

Preuve partielle, déclarée

Variants à revue intermédiaire : ils entrent dans le raisonnement, mais signalés, et ne sont jamais présentés avec le poids de la couche précédente.

Couche 3 · exploratoire

Sans revue, avec leur niveau de validité

Variants sans revue accompagnés du niveau de validité gène-maladie. Ils servent à ne pas perdre une hypothèse de vue, pas à justifier un test.

Le mesureur de spécificité phénotypique

Avant de recommander quoi que ce soit, le système mesure si les termes saisis discriminent suffisamment. Un tableau décrit par trois termes génériques ne permet pas de prioriser, et le dire est plus utile que de rendre un classement qui a l'air informatif sans l'être.

Les quatre domaines, dans l'ordre

Le germinal mendélien est le domaine construit. Le somatique, l'infectieux — où il se connectera à l'analyse métagénomique — et le complexe multifactoriel sont une évolution déclarée, pas une fonctionnalité actuelle.

03 Comment ça marche

Du phénotype au plan, avec le pourquoi de chaque palier.

Trois plans avec leur coût et leur portée : panel ciblé, exome ou génome complet. La montée se justifie par la couverture génique du diagnostic différentiel, non par préférence.

Saisie du phénotype

Les termes du tableau clinique se lisent sur l'ontologie officielle, qui est un graphe orienté : un terme hérite du sens de ses ancêtres, et cela compte au moment de comparer.

Mesure de spécificité

Avant de prioriser, le système quantifie si les termes saisis discriminent. Si ce n'est pas le cas, il le dit au lieu de produire un classement sans valeur.

Comparaison aux profils de maladie

Similarité sémantique par contenu d'information contre les profils publiés de phénotype et de maladie, pour construire le diagnostic différentiel.

Priorisation des gènes

Croisement avec les variants cliniques et avec les curations de validité gène-maladie, réparti sur les trois couches de preuve.

Plan de test

Panel, exome ou génome complet selon la couverture génique du différentiel et les preuves disponibles, avec la justification et le coût estimé de chaque option.

Plan A

Panel ciblé

Les gènes des maladies les plus probables. Le moins cher et le plus rapide quand le différentiel est concentré.

Plan B

Exome

Toutes les régions codantes. L'option quand le différentiel est large mais reste mendélien.

Plan C

Génome complet

Rappel maximal et coût maximal. Proposé quand la couverture des options précédentes laisse une partie du différentiel dehors.

04 Le contrat

Ce qui entre, ce qui sort, ce à quoi cela s'enchaîne.

Entrée

Des termes de l'ontologie des phénotypes humains décrivant le tableau du patient, avec la référence du cas. Aucune identification directe : le cas voyage pseudonymisé.

Sortie

Diagnostics différentiels classés, gènes candidats avec leur niveau de preuve, recommandation de test avec justification et estimation de coût, et une chronologie d'audit du cas complète et exportable.

S'enchaîne

C'est un sous-système indépendant par conception : son savoir, ce sont les bases cliniques officielles, non le corpus microbiologique de la plateforme. Le domaine infectieux est le point où il se connectera à l'analyse métagénomique.

05 Fiche technique

Entrée

Des termes de l'ontologie des phénotypes humains avec la référence pseudonymisée du cas.

Sortie

Différentiel classé, gènes candidats par couche de preuve, plan de test recommandé avec justification et coût, et chronologie d'audit exportable.

Auditabilité

Code explicite de bout en bout. Ni apprentissage automatique ni modèles génératifs dans la chaîne de décision : chaque étape est une règle lisible et la même entrée donne la même sortie.

Versionnement des bases

Chaque instantané des bases cliniques est enregistré avec sa source, sa version et son nombre d'enregistrements, de sorte qu'un cas ancien peut être réinterprété en sachant avec quel savoir il a été résolu.

Domaine construit

Germinal mendélien. Le somatique, l'infectieux — avec connexion à l'analyse métagénomique — et le complexe multifactoriel sont déclarés comme évolution, non comme fonctionnalité présente.

Limite · mise à jour

La mise à jour des bases cliniques est manuelle et n'est pas encore planifiée. Comme la version voyage avec le résultat, une analyse dit toujours avec quel instantané elle a été résolue.

Limite · coût

L'estimation de coût de chaque plan provient d'un catalogue figé qui ne suit pas le marché. Elle sert à comparer les plans entre eux, pas de devis.

Limite · données personnelles

Le traitement des données identifiantes n'est pas formalisé dans le module : la pseudonymisation et la conformité en matière de protection des données sont une exigence ouverte et prioritaire avant tout usage clinique réel.

Bases de connaissances : Human Phenotype Ontology, avec ses annotations de maladie ; ClinVar du NCBI sur l'assemblage GRCh38 ; et les curations de validité gène-maladie de ClinGen. Similarité sémantique par contenu d'information selon Resnik. Tout instantané de base est versionné avec sa date et son nombre d'enregistrements.

Un laboratoire ne peut pas défendre une boîte noire.

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