EXP.
DL–2026–07
MÉTODO
vtMG · preprint
CLASIF.
TÉCNICA · PÚBLICA
FACTOR K
prior + posterior
PARES
152 con eje temporal
UFCeq/g
la unidad en la que está escrita la norma y en la que está escrito tu histórico de cultivo
8
grupos indicadores regulatorios, cada uno con su factor por matriz y tratamiento
126+
taxa alimentarios con número de copias ribosómicas curado desde rrnDB y NCBI
152
pares de metagenómica y cultivo con eje temporal real, de 16 a 117 días desde fabricación
+
+
+
+
Diferenciador único
Es el único sistema que lleva la lectura metagenómica hasta la unidad reportable con un método húmedo propio detrás: pre-lisado diferencial y digestión con DNasa antes de secuenciar, para que el ADN libre y el de células con la membrana comprometida no entren en el recuento. Lo que sale es equivalente de cultivo, no una proporción disfrazada de cifra.
Y el factor de conversión no es una constante inventada: es un prior empírico con su mecanismo y su referencia, que el motor funde con los pares reales de metagenómica y cultivo por contracción bayesiana. Sin datos propios manda el prior; según llegan pares, el prior se lava solo. El prior es independiente del conjunto de validación —regla anticircular escrita— y las métricas se mantienen fuera de muestra.
01
El estado del arte
El porcentaje no se reporta. Y no se compara con tu histórico.
La secuenciación entrega proporciones; la normativa exige recuentos por gramo, y veinte años de archivo del laboratorio están en unidades de placa. Sin conversión, el dato nuevo no dialoga ni con la norma ni con el pasado.
Hay además un problema que el medio selectivo no puede resolver: cuenta grupos presuntivos que se solapan. Enterobacterias contiene coliformes, que contienen E. coli — el mismo aislado cuenta tres veces. Un enterococo cae a la vez en ácido-lácticas y en su propio recuento. Resolver a especie deshace ese doble conteo.
02
El método húmedo
Un número sin protocolo no es interpretable.
La literatura dice que la espora se sub-detecta. Los datos vivos decían lo contrario. No había contradicción: había dos protocolos de extracción, y faltaba declarar cuál.
Extracción estándar
La espora se lisa mal y su ADN se pierde
Con rotura por bolas la espora resiste, su material no llega al secuenciador y la vía molecular la ve por debajo de lo que hay. Es lo que describe la literatura clásica, y es cierto en ese protocolo.
Sesgo negativo · sub-detección
vtMG · el método propio
Pre-lisado diferencial y digestión con DNasa
El ADN libre y el de las células con la membrana comprometida se digieren antes de secuenciar: lo que queda es señal de células viables. La espora, impermeable a la DNasa, sobrevive al filtro y se lee de más — y eso se declara.
Sesgo positivo · sobre-detección de espora
Y el sesgo no es una constante: es una trayectoria
En tiempos tempranos, lo que la vía molecular ve y el cultivo no son esporas y células subletalmente dañadas por el tratamiento. Conforme la espora germina y la bacteria se reactiva, el cultivo la recupera y las dos vías convergen. Los cuatro indicadores decaen de forma monótona: ninguno crece. Un sesgo creciente contradiría el mecanismo, y por eso el validador lo rechaza.
El eje temporal es real y está en la base: días entre fabricación y ensayo. No hay que inventarlo.
FIG. 01
Exceso molecular en log₁₀ · serie real T1→T3
Indicador
T1
T2
T3
Sulfito-reductores
+5,88
+2,94
+1,81
Enterobacterias
+4,60
+2,63
+1,57
Aerobios
+2,07
−0,47
−1,20
Ácido-lácticas
+2,43
−0,89
−1,55
Serie MIGAS BACALAO MAP. Positivo = la vía molecular lee de más.
El límite honesto del ajuste
La trayectoria es limpia dentro de una serie y se diluye al agrupar estudios: sobre 152 pares, la velocidad de decaimiento queda confundida con matriz y tratamiento —R² 0,33 en aerobios, 0,00 en enterobacterias—. Por eso el mecanismo y el signo entran como curados y los números viajan como pendientes, con su n y su R² a la vista.
La prudencia se aplica antes de concluir: se descartan los pares donde ambos métodos están en su suelo o el cultivo sólo aporta una cota, y hacen falta al menos tres pares cuantificables y un log de desviación. El efecto medido fue pasar de seis o siete indicadores marcados por análisis a uno o dos; con un solo par por indicador no se emite ninguno.
03
Cómo funciona
Tres pasos, y un factor que aprende.
Del porcentaje a la unidad reportable, con la distinción crítica entre amplicón y escopeta: el primero corrige sólo número de copias; el segundo, copias por tamaño de genoma.
01
Corrección por número de copias
La abundancia se normaliza por las copias del gen ribosómico que lleva cada genoma, con base curada de más de ciento veintiséis taxa alimentarios. Sólo se aplica al amplicón: en escopeta la corrección es copias por tamaño de genoma, y confundir las dos falsea el resultado.
02
Anclaje a masa de ADN
La abundancia corregida se ancla a la masa total de ADN medida por fluorimetría, lo que da células por gramo. Es el paso que convierte una proporción en una cantidad.
03
Calibración por matriz y tratamiento
El factor se aplica por grupo indicador, matriz alimentaria y tratamiento —alta presión, térmico, crudo—, muestra a muestra, no por análisis. El resultado son UFCeq/g reportables.
04
El factor se actualiza con tus datos
El posterior es la media del prior y de los pares reales ponderada por su fuerza: sin datos propios manda el prior, y conforme se acumulan pares de metagenómica y cultivo el prior se diluye. El prior nunca se desactiva, para que ambos puedan fundirse.
05
Contraste y validación
Contra el cultivo pareado se calculan concordancia de Lin, Passing-Bablok, Bland-Altman y deriva temporal. Un valor por debajo del límite de detección se sustituye por el propio límite —convención de prudencia EFSA y OMS—, no por la mitad, que es criterio de química, ni por exclusión, que sesga a la baja.
Los ocho grupos indicadores
Aerobios
Enterobacterias
Coliformes
E. coli
Sulfito-reductores
Levaduras y mohos
Ácido-lácticas
Listeria
04
El contrato
Qué entra, qué sale, con qué se encadena.
Entra
Abundancias de OmniOta o tabla propia, masa total de ADN por fluorimetría, y matriz y tratamiento declarados muestra a muestra. El histórico de cultivo se importa desde hoja de cálculo, con los valores por debajo del límite detectados solos.
Sale
Por muestra y grupo indicador: UFCeq/g y su logaritmo, factor aplicado, taxones contribuyentes con su desglose, cumplimiento frente al criterio, referencia de cultivo pareada, nivel de discrepancia y confianza.
Encadena
Recibe los perfiles de OmniOta y alimenta a FoodSpan, que necesita la serie temporal cuantificada para ajustar la cinética de deterioro y calcular vida útil.
05
Ficha técnica
Nombre
Deep Estimation of Live Organisms by Read Equivalence to Agar Numbers: estimación de organismos vivos por equivalencia de lecturas con el recuento en placa.
Entrada
Abundancias de amplicón o escopeta desde OmniOta o tabla propia, masa de ADN, matriz y tratamiento por muestra, y opcionalmente el histórico de cultivo importado desde hoja de cálculo.
Salida
UFCeq/g y log₁₀ por muestra y grupo indicador, con factor aplicado, taxones contribuyentes, cumplimiento frente al criterio, discrepancia clasificada y score de confianza.
Factor de conversión
Prior curado por grupo × matriz × tratamiento con su valor, su rango intercuartílico, la fuerza que lo sustenta, el mecanismo biológico y la referencia; fundido con los pares reales por contracción bayesiana.
Datos censurados
Un «<10» se sustituye por 10. No por la mitad del límite —convención de química analítica— ni por exclusión, que sesga el conjunto a la baja.
Anticircularidad
El prior es independiente del conjunto de validación y no se recalibra con él. Las métricas se mantienen fuera de muestra, y está escrito como regla del proyecto.
Límite · unidad
UFCeq/g es equivalente de cultivo calibrado, no recuento en placa: incluye viables no cultivables, que es justo lo que la placa no puede ver. Para validación regulatoria formal se complementa con cultivo según norma ISO.
Límite · espora
Bajo el método de viables la espora es impermeable a la DNasa y su ADN sobrevive al filtro: el informe da el signo y la magnitud del exceso en vez de un número limpio y falso.
Límite · curación
Sólo el mecanismo y el signo entran como curados. Los números de la trayectoria viajan como pendientes con su n y su R², a la espera de más series con cultivo para estratificar por matriz.
Método de laboratorio propio en preprint. Base de número de copias curada desde rrnDB y NCBI. Convención de datos censurados EFSA/OMS. Reglamento (CE) 2073/2005 y criterios ICMSF para el contraste de cumplimiento. Validación estadística: concordancia de Lin, Passing-Bablok, Bland-Altman y detección de deriva temporal.
La unidad importa. Sin ella, el dato no entra en el expediente.
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