EXP.
DC–2026–07
MOTOR
Bowtie2 + SantaLucia NN
CLASIF.
TÉCNICA · PÚBLICA
VEREDICTO
6 niveles
BASE
16 referencias
10
factores biofísicos ponderados sobre la diana, devueltos uno a uno en el informe
3
capas progresivas contra las exclusiones: unión, discriminación del extremo 3’ y predicción de amplicón
6
niveles de veredicto, de validado a no funcional, cada uno con su motivo
16
referencias publicadas sostienen el modelo, citadas por factor
+
+
+
+
Diferenciador único
No es una búsqueda de homología con nombre bonito. Integra alineamiento, termodinámica de vecino más próximo, el modelo bioquímico de extensión del extremo 3' y la predicción de estructura secundaria del amplicón en un único canal — diez factores biofísicos ponderados y un veredicto de seis niveles.
Un desajuste en las tres últimas bases del extremo que extiende penaliza la amplificación de forma severa aunque el resto del primer sea idéntico. Ese es exactamente el caso que la búsqueda de homología clasifica como riesgo y el tubo desmiente — y el inverso, el que da por bueno y luego amplifica lo que no debía.
01
El estado del arte
Parecerse a una secuencia no es amplificarla.
Validar especificidad en el laboratorio exige paneles de ADN caros, semanas de trabajo y varias rondas de optimización. Y la alternativa habitual —una búsqueda de homología— responde a otra pregunta distinta de la que el laboratorio hace.
02
Lo que se modela
Diez factores en la diana. Tres capas contra el resto del mundo.
Las tres capas de fuera de diana son progresivas: descartan rápido lo que no puede unirse, y sólo lo que sobrevive pasa al análisis caro de predicción de amplicón.
En la diana · diez factores ponderados
Unión
Temperatura de fusión
Estabilidad 3’
Accesibilidad
Dímeros
GC del amplicón
Estructura secundaria
Longitud
G-cuádruplex
Cebado espurio
Cada uno entra con su peso al índice de éxito de la reacción, de 0 a 1, y el informe los devuelve desglosados: un candidato no se rechaza «por poca puntuación», se rechaza por el factor que lo hunde.
Fuera de diana · tres capas progresivas
El veredicto, en seis niveles
03
El espacio de búsqueda
Contra qué se ha buscado, dicho en el propio informe.
Tres alcances, del panel declarado a todo lo que hay depositado. El informe nombra el que se usó, porque un resultado limpio en un panel pequeño no es una declaración de especificidad.
Panel declarado
Contra las exclusiones que tú defines
El alcance por defecto: los genomas que el ensayo tiene que rechazar, declarados por el usuario o heredados del conocimiento curado, con conciencia de la matriz cuando se indica.
Amplio acotado
Clado diana más contaminantes universales
Búsqueda local y rápida que reutiliza el canal de especificidad del diseño, con emparejado directo por reverso y análisis del extremo 3’.
Amplio exhaustivo
Contra todo lo depositado
Consulta directa a la base pública de nucleótidos con el mismo emparejado y análisis local. Corre en segundo plano, con progreso y tiempo estimado.
La honestidad que exige el módulo
«Sin hallazgos fuera de diana» sólo significa algo acompañado del espacio en el que se buscó. Por eso el informe lo declara siempre, y separa lo que alinea de lo que ceba y amplifica: son dos listas distintas, y sólo la segunda arruina un ensayo.
El módulo tampoco interpreta biología: valida primers. Consume los paneles de exclusión que el conocimiento curado proyecta, y no se acopla al motor que los produce — lo que mantiene el veredicto reproducible aunque el conocimiento evolucione.
04
El contrato
Qué entra, qué sale, con qué se encadena.
Entra
Par de primers y secuencia diana, sueltos o desde el repositorio institucional; el panel de exclusión, declarado o heredado del conocimiento curado; y, si se quiere, un kit entero para pedir una segunda opinión con motor independiente.
Sale
Índice de éxito de 0 a 1, veredicto de seis niveles, desglose de los diez factores, lista de hallazgos fuera de diana con el motivo de cada rechazo o alerta, temperatura de fusión prevista del amplicón y recomendaciones de optimización.
Encadena
Recibe de SnapPrime y del repositorio; entrega a FastKit, que sólo empaqueta primers con validación hecha. Modo matriz para cruzar N primers contra M genomas y modo lote con seguimiento de progreso.
05
Ficha técnica
Entrada
Par de primers y secuencia diana; opcionalmente sonda, panel de exclusión y matriz de trabajo. También acepta un kit completo desde el generador, como segunda opinión con motor independiente.
Modos
Unitario, lote, matriz de N primers por M genomas, y multiplex con seguimiento asíncrono del avance.
Salida
Índice de éxito de la reacción de 0 a 1, veredicto de seis niveles, desglose de los diez factores, hallazgos fuera de diana con su motivo, temperatura de fusión prevista del amplicón y recomendaciones.
Espacio declarado
Todo informe nombra el espacio de búsqueda en que se emitió, y separa lo que alinea de lo que ceba y amplifica. Son dos listas, no una.
Arquitectura
El módulo no almacena conocimiento propio: consume los paneles de exclusión proyectados del conocimiento curado. Eso mantiene el veredicto reproducible y desacoplado del motor de inferencia.
Límite · paneles
La frescura de los paneles de exclusión depende del ciclo de publicación del conocimiento curado. Un panel desactualizado estrecha el espacio de búsqueda sin que el número lo diga: por eso el informe declara la fecha.
Límite · desajustes
La política de desajustes del alineador está fijada en el código y todavía no es configurable desde la interfaz. Está en el registro de deuda del módulo.
Límite · in silico
Es predicción biofísica, no ensayo. Reemplaza rondas de optimización y descarta lo inviable antes de gastar reactivo, pero la validación formal de un método sigue exigiendo laboratorio.
Alineamiento: Bowtie2 en modo emparejado. Termodinámica de vecino más próximo: SantaLucia (1998). Modelo de extensión del extremo 3’: Kwok (1990) y Stadhouders (2010). Estabilidad y corrección salina: Owczarzy (2004). Búsqueda amplia: canal local de similitud y cliente de la interfaz pública de BLAST del NCBI contra la colección de nucleótidos. Dieciséis referencias publicadas en total.
Que el termociclador confirme, no que descubra.
BIOTECNO.org · Vitoria-Gasteiz
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