EXP.
GC–2026–08
MOTOR
kernel sellado v6.0.0
CLASIF.
TÉCNICA · PÚBLICA
ACCIONES
211 con DOI
ÁMBITO
UE 2025/179
211
acciones operacionales con DOI verificado: 108 afirmadas de forma explícita por el artículo y 103 inferidas de un mecanismo avalado
0,933
área bajo la curva en Listeria sobre 903 genomas; 0,970 en concordancia con resistencia fenotípica de Salmonella
1.337
genomas descargados por accesión y remedidos con los detectores reales del núcleo, con cero errores
< 200 ms
para situar un aislado contra treinta y tres mil perfiles epidemiológicos
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Diferenciador único
Tres cosas que no están juntas en ningún otro sitio: el riesgo se mide sobre los marcadores del propio aislado en vez de heredarse de su complejo clonal; el rastreo cruza la vigilancia genómica mundial con las alertas RASFF sobre la misma matriz alimentaria; y el resultado sale como plan de acción ejecutable, no como lista de genes.
Doscientas once acciones curadas por trituración bibliográfica con verificación de DOI una a una, disparadas por el marcador concreto que porta la cepa: presencia, ausencia, isla completa, gen truncado o mutación puntual.
01
El estado del arte
Donde las demás entregan una lista, GIFCloud entrega la orden de trabajo.
Cada herramienta del campo resuelve bien su tramo, y GIFCloud se apoya en varias de ellas. La diferencia está en el tramo siguiente: convertir el genoma en una decisión de planta con su dosis, su frecuencia y su DOI.
La consecuencia se ha medido: el 35,5 % de las E. coli de alimento porta marcadores de infección extraintestinal que un programa centrado en STEC ignora por completo, y el 26 % de los serovares de Salmonella figuraba como bajo riesgo teniendo tasas de hospitalización del 31 al 64 %.
02
Riesgo intrínseco de la cepa
No lo que suele hacer su linaje. Lo que puede hacer este aislado.
La práctica habitual atribuye el riesgo por pertenencia a complejo clonal: la cepa hereda la fama de su clon. Aquí el riesgo se construye desde los determinantes que el genoma del aislado realmente porta.
La estrategia ecológica, que sólo emite este sistema
De cruzar virulencia con persistencia sale una lectura que ninguna herramienta da: nosótrofa, peligrosa para el paciente pero efímera en el entorno; saprótrofa, instalada en la planta con virulencia reducida; y anfitrófica, virulenta y persistente a la vez. La anfitrófica es la que sobrevive a la limpieza, coloniza la instalación y conserva intacta su capacidad de causar enfermedad: el máximo riesgo industrial, y el que justifica una respuesta distinta.
En la revalidación de agosto de 2026 sobre 436 aislados clínicos, 136 resultan anfitróficos. La reclasificación afecta a 6 de 436 —el 98,6 % no cambia de estrategia— y cada uno de esos seis tiene explicación caso por caso: tres entran por SSI-2 real en CC121 y CC475, dos salen por homólogos cromosómicos emrC confundidos con qacH, y uno por SSI-1 incompleto.
Dónde el clon ya lo dice todo, y se declara
La resolución por encima del complejo clonal no es uniforme y no se vende como tal. En los clones hipovirulentos sí la hay: qacH y SSI-2 varían dentro del linaje —22,9 % y 22,6 %— y el índice aporta lo que el clon no da. En el subconjunto Maury-Intermedio, en cambio, ser anfitrófica equivale a pertenecer a CC7, CC3 o CC5 frente a CC6: ahí el índice no añade resolución, y el informe lo dice.
Del mismo modo, LIPI-3 está fijado al 0 % o al 100 % en diez de diez complejos clonales mayores. Cada marcador entra con su prevalencia, su área bajo la curva y su intervalo de confianza, no con una afirmación redonda.
03
Rastreo epidemiológico
Una sola capa con la vigilancia mundial y las alertas de retirada.
Enfoque One Health: la cepa no se compara sólo contra la colección propia, sino contra las bases de vigilancia públicas y contra el registro europeo de alertas alimentarias, en la misma consulta.
El cruce que cambia la conversación
Un aislado de planta deja de ser un dato aislado: se sitúa frente a los perfiles de vigilancia, frente a los brotes documentados y frente a las notificaciones RASFF del mismo patógeno, la misma categoría de producto y la misma ventana temporal. Si lo que vive en la línea coincide con lo que se está retirando del mercado en la matriz que se fabrica, se sabe antes de que llegue la carta.
El límite del cruce
RASFF no publica secuencias: aporta capa de alerta —peligro, categoría, país notificante y de origen, producto y fecha—, no perfil genético. La coincidencia es epidemiológica y contextual, nunca una identidad de cepa, y así se etiqueta en el informe.
04
Cómo funciona
Del genoma a la orden de trabajo, paso a paso.
Índice continuo de 0 a 100 con cuatro niveles de acción: crítico de 86 a 100, alto de 66 a 85, moderado de 36 a 65 y bajo por debajo de 36.
01
El núcleo sellado genotipa el aislado
Detectores puros de virulencia, persistencia, contexto y resistencia sobre el genoma, con conjunto de referencias versionado y comprobación de integridad. Sellado significa que dos análisis con reglas distintas se saben no comparables.
02
El índice se pondera según quién pregunta
Perfil industrial, que prioriza la persistencia ambiental; clínico, que prioriza virulencia y clonalidad; One Health, que prioriza resistencia y clonalidad; o el que defina el usuario. El mismo genoma cambia de índice porque cambia la pregunta, y la fórmula con sus pesos viaja en el informe.
03
Tres capas de interpretación en paralelo
La primera busca interpretaciones operativas curadas para los genes detectados. La segunda ejecuta ocho patrones de razonamiento sobre el grafo de conocimiento, tres de ellos específicos de planta: colonización de zona, anulación del protocolo de sanitización y oportunidad de barrera. La tercera formula hipótesis cuando las dos anteriores no bastan, y cada hallazgo queda anotado con la capa de la que procede.
04
El genotipo dispara las acciones
Cada acción tiene su condición: gen presente, gen ausente —el caso de CRISPR—, isla u operón completo, gen truncado por codón de parada prematuro o mutación puntual en la región determinante de resistencia a quinolonas. Se disparan sólo las que el genotipo real justifica, y el número de acciones escala con lo que la cepa lleva encima.
05
Se sitúa en el mapa epidemiológico
Comparación contra la base consolidada de vigilancia y contra las notificaciones RASFF de su patógeno, matriz y ventana, con el foco de proveedor y el motor de origen cuando varios aislados convergen.
06
Se emiten los informes
Cuatro entregables por cepa, cada uno escrito para su destinatario, descargables en PDF. Las hipótesis de la tercera capa no van al informe de auditoría: van a la cola de curación, donde un experto las aprueba o las descarta.
05
Los cuatro informes
Un informe no cataloga mediciones. Interpreta y ordena.
La prosa de planta es curada, no generada al vuelo: determinista, revisable y sin latencia. Y es declarativa —«esta cepa presenta tal marcador»—, nunca un consejo genérico en condicional.
Lo que estas cifras NO autorizan a decir
El índice está validado en Listeria monocytogenes —área bajo la curva 0,933 sobre 903 genomas—. En las demás especies es la misma arquitectura extendida y la validación por niveles sigue pendiente: los informes lo declaran como provisional por diseño, en lugar de esconderlo.
Se mantiene además la distinción entre la fiabilidad del algoritmo, validada por género, y la del índice compuesto en cada especie. Y en el catálogo de acciones, el nivel 2 —acción inferida de un mecanismo avalado— nunca se presenta como nivel 1, que es el que el artículo afirma de forma explícita.
06
El contrato
Qué entra, qué sale, con qué se encadena.
Entra
Genoma de un aislado —ensamblado o lecturas— con los metadatos de planta: instalación, zona, producto y protocolo de sanitización activo. El perfil de ponderación se elige en ese mismo paso.
Sale
Índice y nivel de acción con su desglose, estrategia ecológica, contexto epidemiológico con cruce de alertas, plan de acciones por cláusula de norma y los cuatro informes en PDF, archivables con sello temporal.
Encadena
Recibe ensamblados de HoloGen. Las hipótesis que genera pasan a la cola de curación y, una vez aprobadas por un experto, vuelven como conocimiento disponible para el resto de módulos.
07
Ficha técnica
Patógenos
Los cinco obligatorios del Reglamento (UE) 2025/179: Listeria monocytogenes, Salmonella enterica, Escherichia coli en sus patotipos, Campylobacter jejuni y Campylobacter coli. Incorporar uno nuevo no exige desarrollo de software, sólo definir su perfil genómico.
Base de acciones
Doscientas once acciones: 67 de Listeria, 55 de Salmonella, 38 de E. coli y 51 de Campylobacter, más 49 genes candidatos de enriquecimiento que ampliarían la inferencia operativa al cablearse su detección.
Ejes de intervención
Biocida y su rotación, biopelícula, pretratamiento, plan de muestreo, interacción entre cepas, analítica adicional, control de proceso, manejo clínico y riesgo de producto.
Rendimiento
De cinco a diez minutos por genoma y de ochenta a ciento veinte genomas por hora en lote, con exportación tabular de más de ciento cuarenta columnas para integrar con el sistema de gestión del laboratorio.
Despliegue
Plataforma web completa o herramienta de línea de comandos para integrar en tuberías propias. Ambas funcionan en infraestructura local o en nube, sin depender de servicios externos para el análisis.
Reproducibilidad
Núcleo sellado con suma de verificación por fichero y comprobación global de integridad. El motor de acciones vive fuera del núcleo y opera sobre el resultado ya persistido: añadir acciones no obliga a reprocesar ninguna muestra.
Límite · validación
El índice compuesto está validado en Listeria. En Salmonella, E. coli y Campylobacter es extensión de la misma arquitectura con validación por niveles pendiente, y los informes lo declaran caso por caso.
Límite · cobertura
El motor de acciones dispara sobre lo que el núcleo ya genotipa. Los genes de la base todavía no detectados —y los candidatos de enriquecimiento— no disparan hasta que se cablee su detección con secuencia de referencia propia.
Límite · alertas
RASFF no aporta secuencias: el cruce con una notificación es epidemiológico y contextual, no una identidad de cepa. Y el envío a autoridades no es automático: queda como acción del operador.
Límite · nivel de evidencia
Cerca de la mitad del catálogo es de nivel 2, acción inferida de un mecanismo avalado por DOI y pendiente de curación final. Se marca en cada acción y nunca se presenta como nivel 1.
Base de acciones curada por trituración bibliográfica con verificación de DOI uno a uno contra Crossref y PubMed. Esquemas Stress Islands y Persistence de pubmlst_listeria_seqdef, Institut Pasteur. Maury et al. (2016) Nature Genetics 48:308–313 · Cotter et al. (2008) PLoS Pathogens 4:e1000144 · Vázquez-Boland et al. (2001) Microbes and Infection 3:571–584. Reglamento (UE) 2025/179 · Reglamento (CE) 2073/2005 · USDA-FSIS 10010.2 · grupos de riesgo STEC de EFSA · criterios MDR y XDR de Magiorakos · IFS y BRC.
El número abre la conversación. El plan de acción la cierra.
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