EXP.
HL–2026–05
MOTOR
reglas explícitas · sin ML
CLASIF.
TÉCNICA · PÚBLICA
DOMINIO
GERMINAL MENDELIANO
BASES
HPO · ClinVar · ClinGen
0
modelos opacos en la cadena de decisión: cada recomendación es trazable a una regla concreta
19.000
términos de fenotipo sobre grafo dirigido, con similitud semántica por contenido de información
2,8 M
variantes clínicas sobre el ensamblado de referencia GRCh38
3.500
asociaciones gen-enfermedad con su nivel de validez curado
+
+
+
+
Diferenciador único
Cada recomendación es trazable a una regla explícita. Exomiser y Amelie —las referencias del campo— apoyan su priorización en modelos difícilmente auditables: dan una lista ordenada, pero no una cadena de razonamiento que un laboratorio pueda defender ante un auditor.
Aquí el criterio es código legible: qué término de fenotipo pesó, contra qué perfil de enfermedad se comparó, qué variantes lo sostienen y con qué nivel de revisión. La misma entrada da la misma salida, y esa salida se puede leer línea a línea.
01
El estado del arte
La decisión se toma a mano, y el sesgo no deja rastro.
Ante una clínica compleja hay que decidir qué test pedir. Eso obliga a cruzar fenotipos con bases de variantes, validez gen-enfermedad y perfiles publicados: un proceso manual, expuesto a omisiones y difícil de reconstruir después.
02
Las capas de evidencia
No todo lo que está publicado pesa lo mismo.
El nivel de revisión de una variante en la base clínica de referencia decide en qué capa entra. Mezclar las tres capas en una sola lista es lo que produce recomendaciones que no se pueden defender.
El medidor de especificidad fenotípica
Antes de recomendar nada, el sistema mide si los términos introducidos discriminan lo suficiente. Un cuadro descrito con tres términos genéricos no permite priorizar, y decirlo es más útil que devolver un ranking que parece informativo y no lo es.
Los cuatro dominios, por orden
Germinal mendeliano es el dominio construido. Somático, infeccioso —donde se conectará con el análisis metagenómico— y complejo multifactorial son evolución declarada, no funcionalidad actual.
03
Cómo funciona
Del fenotipo al plan, con el porqué de cada escalón.
Tres planes con su coste y su alcance: panel dirigido, exoma o genoma completo. La escalada se justifica con cobertura génica del diferencial, no con preferencia.
01
Captura del fenotipo
Los términos del cuadro clínico se leen sobre la ontología oficial, que es un grafo dirigido: un término hereda el significado de sus ancestros, y eso importa al comparar.
02
Medida de especificidad
Antes de priorizar, el sistema cuantifica si los términos introducidos discriminan. Si no lo hacen, lo dice en vez de producir un ranking sin valor.
03
Comparación con perfiles de enfermedad
Similitud semántica por contenido de información contra los perfiles publicados de fenotipo y enfermedad, para construir el diferencial.
04
Priorización de genes
Cruce con las variantes clínicas y con las curaciones de validez gen-enfermedad, repartido en las tres capas de evidencia.
05
Plan de testeo
Panel, exoma o genoma completo según la cobertura génica del diferencial y la evidencia disponible, con la justificación y el coste estimado de cada opción.
Plan A
Panel dirigido
Los genes de las enfermedades más probables. El más barato y rápido cuando el diferencial está concentrado.
Plan B
Exoma
Todas las regiones codificantes. La opción cuando el diferencial es amplio pero sigue siendo mendeliano.
Plan C
Genoma completo
Máxima recuperación y máximo coste. Se propone cuando la cobertura de las anteriores deja fuera parte del diferencial.
04
El contrato
Qué entra, qué sale, con qué se encadena.
Entra
Términos de la ontología de fenotipos humanos que describen el cuadro del paciente, con su referencia de caso. Nada de identificación directa: el caso viaja pseudonimizado.
Sale
Diagnósticos diferenciales rankeados, genes candidatos con su nivel de evidencia, recomendación de test con justificación y estimación de coste, y una línea temporal de auditoría del caso completa y exportable.
Encadena
Es un subsistema independiente por diseño: su conocimiento son las bases clínicas oficiales, no el corpus microbiológico de la plataforma. El dominio infeccioso es el punto donde se conectará con el análisis metagenómico.
05
Ficha técnica
Entrada
Términos de la ontología de fenotipos humanos con la referencia pseudonimizada del caso.
Salida
Diferencial rankeado, genes candidatos por capa de evidencia, plan de test recomendado con justificación y coste, y línea temporal de auditoría exportable.
Auditabilidad
Código explícito de extremo a extremo. Ni aprendizaje automático ni modelos generativos en la cadena de decisión: cada paso es una regla legible y la misma entrada da la misma salida.
Versionado de bases
Cada instantánea de las bases clínicas queda registrada con su fuente, su versión y su número de registros, de modo que un caso antiguo se puede reinterpretar sabiendo con qué conocimiento se resolvió.
Dominio construido
Germinal mendeliano. Somático, infeccioso —con conexión al análisis metagenómico— y complejo multifactorial están declarados como evolución, no como funcionalidad presente.
Límite · actualización
La actualización de las bases clínicas es manual y no está programada todavía. Como la versión viaja con el resultado, un análisis dice siempre con qué instantánea se resolvió.
Límite · coste
La estimación de coste de cada plan procede de un catálogo fijo que no sigue al mercado. Sirve para comparar planes entre sí, no como presupuesto.
Límite · datos personales
El tratamiento de datos identificativos no está formalizado en el módulo: la pseudonimización y el cumplimiento en materia de protección de datos son requisito abierto y prioritario antes de cualquier uso asistencial real.
Bases de conocimiento: Human Phenotype Ontology, con sus anotaciones de enfermedad; ClinVar del NCBI sobre el ensamblado GRCh38; y las curaciones de validez gen-enfermedad de ClinGen. Similitud semántica por contenido de información según Resnik. Toda instantánea de base queda versionada con su fecha y su número de registros.
Un laboratorio no puede defender una caja negra.
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