EXP.
SP–2026–08
MOTOR
Primer3-py + SantaLucia
CLASIF.
TÉCNICA · PÚBLICA
MODOS
3 químicas · simplex y multiplex
REPOSITORIO
persistente
7
dimensiones ponderadas en la puntuación, visibles una a una: no una nota global
8 pb
de coincidencia exacta exigida en el extremo 3’: la regla bioquímica que decide si extiende
≥ 30 pb
de separación forzada entre amplicones en multiplex, para que se distingan por tamaño
4
niveles en el repositorio institucional, con promoción automática al validar
+
+
+
+
Diferenciador único
Diseño de primers universales por consenso: construye el alineamiento múltiple de todas las dianas, perfila la conservación posición a posición, excluye sólo los grupos de tres o más posiciones variables consecutivas —tolerando la variación sinónima de la tercera base del codón— y valida con la regla bioquímica de extensión: coincidencia exacta en las últimas ocho bases del extremo 3'.
Un par único que amplifica todas las dianas y está comprobado contra cada una, en lugar de un par por diana que luego hay que compatibilizar. Ni Primer3 en su interfaz web, ni PrimerQuest, ni Beacon Designer combinan consenso inteligente con validación bioquímica de extensión.
01
El estado del arte
Diseñar el primer es la parte fácil. Lo caro es lo que viene después.
Validar dímeros cruzados, comprobar especificidad y compatibilizar un multiplex es donde se van las horas — y donde la complejidad combinatoria empuja al laboratorio a la prueba y error costosa.
02
Los modos y sus reglas
Tres químicas, y reglas duras que el motor no deja saltarse.
En multiplex, la sonda es obligatoria: el motor lo valida y la interfaz deshabilita el resto. Una regla dura evita un ensayo que se cae en el laboratorio.
Umbrales termodinámicos aplicados
03
Cómo funciona
De la secuencia al par validado, con su expediente.
La puntuación no es una nota: son siete dimensiones ponderadas que se pueden mirar una a una para entender por qué un candidato queda por debajo de otro.
01
Entrada y resolución de metadatos
Secuencias importadas desde BioMiner o cargadas como fichero o número de acceso, con resolución automática del organismo y su anotación.
02
Diseño en la química elegida
Generación de candidatos con parámetros estandarizados. En modo universal se construye el alineamiento múltiple de todas las dianas y se diseña sobre la región conservada.
03
Puntuación multicriterio
Temperatura de fusión y su diferencia, contenido en GC, homodímeros, horquillas, heterodímeros y resultado de especificidad: siete dimensiones ponderadas, cada una consultable.
04
Optimización del multiplex
Se precomputan todos los heterodímeros posibles entre los pares del panel y un recocido simulado busca la combinación que minimiza los dímeros cruzados forzando además separación de tamaño de amplicón.
05
Especificidad taxonómica
Búsqueda contra la base del proyecto y la base taxonómica, con análisis de desajustes en el extremo 3’ y veredicto que distingue amplificación inesperada de cebado espurio.
06
Promoción automática
Superada la especificidad, el par entra en el repositorio institucional con identificador propio, nivel asignado y el registro de contra qué se validó. Sin paso manual que olvidar.
04
El repositorio institucional
Un primer validado es un activo del laboratorio, no del proyecto.
Los primers sobreviven al borrado del proyecto que los creó. Con identificador propio, su nivel y el registro de contra qué se validaron.
La promoción es automática: ocurre en cuanto la validación de especificidad termina en verde, sin que nadie tenga que acordarse de archivarlo. Y la amplitud cuenta — un par que sirve para varios organismos puntúa por encima del que sirve para uno.
05
El contrato
Qué entra, qué sale, con qué se encadena.
Entra
Regiones candidatas de BioMiner con su trazabilidad, dianas recomendadas por el asesor de dianas, o secuencia propia en fichero o número de acceso público.
Sale
Candidatos rankeados con secuencias directa y reversa, sonda si aplica, temperatura de fusión, contenido en GC, datos termodinámicos completos, curvas de fusión, resultado de especificidad y exportación a hoja, informe u orden de síntesis.
Encadena
Al validador in silico, que somete el par a la prueba biofísica completa, y de ahí al generador de kits. El repositorio alimenta a ambos sin volver a diseñar.
06
Ficha técnica
Químicas
Estándar, sonda de hidrólisis y fusión de alta resolución, en simplex; multiplex sólo con sonda, por regla del motor.
Universal por consenso
Alineamiento múltiple, perfilado de conservación, exclusión de grupos de tres o más posiciones variables consecutivas con tolerancia a la variación sinónima de la tercera base, y comprobación cruzada de coincidencia exacta directa e inversa en cada plantilla.
Multiplex
Precómputo de heterodímeros de orden cuadrático sobre el panel y optimización por recocido simulado, con separación mínima de 30 pares de bases entre amplicones.
Especificidad
Porcentaje de identidad y de cobertura, desajustes en las últimas cinco bases y veredicto que separa amplificación inesperada de cebado espurio.
Repositorio
Identificador persistente por primer, cuatro niveles, puntuación compuesta por diseño, multiplicador de nivel y bonificación por amplitud, y vida independiente del proyecto de origen.
Exportación
Hoja de cálculo, informe en PDF y orden de síntesis de oligonucleótidos lista para proveedor.
Límite · multiplex
El recocido simulado no es determinista: la misma entrada puede dar combinaciones distintas entre ejecuciones. Está en el registro de deuda, con la semilla configurable como arreglo previsto.
Límite · HRM
La predicción de curva de fusión es implementación propia y todavía no está contrastada contra las referencias públicas del campo sobre un panel de secuencias. Se usa como orientación, no como medida.
Límite · bases
La base taxonómica para la especificidad se actualiza a mano. Automatizar ese refresco está pendiente, y mientras tanto conviene comprobar su fecha antes de una campaña.
Motor de diseño: Primer3-py. Termodinámica de vecino más próximo: SantaLucia. Predicción de fusión para HRM: implementación propia del modelo Poland-Scheraga. Optimización multiplex: recocido simulado. Especificidad: búsqueda local por similitud contra base del proyecto y base taxonómica. Canal específico de cepa: minimap2 2.28, samtools 1.21, bedtools 2.31.1 y Snippy 4.6.0.
Minutos, no días. Y con el porqué de cada descarte.
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